研究院部門
研究院以中央部門為首，以下分為六大科：
新人集中訓練所
剛報到的新人必須接受為期半年的集中訓練，而新人訓的教官將由各科的主管負責指導。半年後須至其他科別實習半年，才能成為研究院的正式人員。
醫療醫護科
專門照料奇幻生物的部門，人員受傷時也能做適當的醫療處置。亦有設置能安置退役奇幻生物的收容所，可以隨時去探望。退休或離職人員則需先申請。
資料整合科
將各種研究報告整理並歸檔，且保持資料庫的完整與保存。檔案室內存有許多關於奇幻生物或區域的資料，資料整合科的地下室亦有圖書館能夠前往。
訓練科
專門訓練奇幻生物的部門。根據奇幻生物的性質設置各式培育區域，由訓練科人員負責挑選及訓練生物，使之能夠跟隨勘察科出任務。
實驗研究科
針對勘察科人員帶回來的資料或檢體等進行研究與分析，並製作成相關研究報告。
因實驗室器材眾多且危險，除了研究科人員外不開放隨意進入實驗室。
勘察科
必須在研究院資歷滿兩年才可申請，因任務危險性極高，須經過專業訓練以及篩選，因此院內這樣的人並不多。
勘察科會擁有一隻奇幻生物作為夥伴。
研究院的奇幻生物
【水】 【火】 【木】 【光】 【闇】
大多來自二級區域、少數來自三級區域的奇幻生物。
訓練科主要訓練【小型】、【飛行】作為偵察與搜索。
【中型】與【大型】主要負責攻擊與保護。
未能成為適合勘察的奇幻生物，將會收容於醫療醫護科的【收容所】，那裡會負責照顧無法再出任務、無意再接受新主人、養傷等奇幻生物。
院內運作與制度
【中央部門】負責統籌六科以及處理其他不隸屬於六科的業務。
【勘察科】帶回來的資料與檢體等會先送至【實驗研究科】進行研究與分析。
而後交於【資料整合科】進行整理並歸放資料室，有關奇幻生物的孵育等會交至【醫療醫護科】。
若有合適作為勘察科人員夥伴的奇幻生物，將會檢送資料給【訓練科】進行篩選與訓練。
一、切記於工作中使用【代號】稱呼彼此。
二、請勿外流任何研究資料於研究院外。
三、勘察科人員出勤時必須帶著奇幻生物一同前往。
四、研究院所有人員在非必要情況下千萬不可傷害奇幻生物，也切記勿與奇幻生物對抗。
五、除勘察科，請所有研究院人員勿持有奇幻生物，亦不得私下認養。
六、勘察科人員若因離職、退休、升官等原因不任職於勘察科，必須將奇幻生物歸還醫療醫護科。
違反以上規定者，將取消任職並畢生無法再進入研究院。
機關首長
研究院院長，處事神秘且行蹤神不知鬼不覺，對於院內所有人員的資料瞭若指掌。有傳聞院長是約莫50多歲的男人，除副院長以外從未有人見過院長。
只靠電子書信或群組與研究院各階主管聯繫，或副院長代為傳達裁示，似乎和副院長為舊識。聽說一直在尋找傳說的一級區域。
研究院副院長，樣貌和藹可親的男性，但其實在管理上十分嚴厲，總是會在閒暇之餘到各科巡視。看似還年輕卻無人知曉其真實年紀，似乎從現任院長上任以來便一直擔任副院長，深受院長信任。
似乎對於總是替院長當飛鴿傳書感到無奈，偶爾能聽到他抱怨個一兩句。